TI se zaměřuje především na prosazování systémových změn v oblasti veřejné správy a legislativy, ale také v soukromém sektoru. Kromě projektů, které se dlouhodobě věnují konkrétním oblastem (například problematice veřejných zakázek, střetu zájmů či nakládání s veřejnými prostředky) poskytuje TI také právní a vzdělávací služby.

TI je součástí mezinárodní sítě nevládních organizací Transparency International. Všechny pobočky Transparency International musí pravidelně procházet procesem akreditace.

Přestože je TI součástí mezinárodní sítě, není prostřednictvím této sítě financována. Její činnost je financována především z grantů, které organizace získává na své projekty, z programů domácích i zahraničních státních i soukromých dárců. Důležitým zdrojem financování jsou potom dary fyzických i právnických osob a rovněž výnosy z uskutečněných činností.